Al ver algunos puntos me he sentido así xD
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Cómo bien ha dicho Sinh sobre el género, en japonés tampoco hay género. El japonés es una lengua que requiere de mucho contexto para ser analizado, por lo que una frase suelta no nos dará muchas pistas. Es más, el japonés es un idioma "machista", es decir, que el género masculino se presupone y el femenino hay que ponerlo explícitamente.
Yo me inclino a pensar, que como el contexto no nos dice nada, y partiendo del "machismo" del japonés, Matoya creo que fue concebido para Ivalice como un hombre ya que aparece profeta como tal: 予言者. Si la intención de los historiadores de Ivalice hubiese sido la de una Matoya mujer, seguramente nos habríamos encontrado con la partícula de mujer 女 (onna), es decir esto: "女予言者",
Este es el compendio del saber completo para esa entrada de Matoya (en negrita la frase en concreto, en rojo Matoya y en azul "profeta")
ファバルの神々とダナンの神々による長い戦いがありました。
ダナンの神王ザバームは予言者マトーヤの予言を受けて
剣の神アーナスを闇の迷宮に幽閉しました。
しかしアーナスは死の神ヘスの力を借りて脱出すると、
ヘスに自らの命を差し出し、ヘスの命とひとつになって生まれ変わりました。
そしてファバルの神々の元に傭兵として参じ、
ファバルの業神ウェハカの元で活躍します。
神王ザバームを捕らえた彼はアーナスであることを明かし、
ザバームに永遠の命の呪術をかけ、その体で大地を創りました。
光の神となったアーナスはその大地に人々を創り、
呪われた地イヴァリースと名づけました。
De todas formas, invoco a los gurús del japonés xulikotony Kimhy y Ortew Lant ya que la gramática no es mi punto fuerte.