Jénova es controlada por la voluntad de Sefirot, efectivamente. Tened en cuenta que lo único que separa a Jénova de la libertad es un cristal, si no lo rompe es simplemente porque está en animación suspendida. Sefirot empezó a controlarla y escapó. También hay que tener en cuenta que la cabeza de Jénova estaba con Sefirot en el Cráter del Norte, lo que estaba en el Edificio Shinra era únicamente el cuerpo.
Sea como fuere, todas las acciones realizadas por el Sefirot al que perseguimos se deben realmente a la voluntad del verdadero Sefirot, por mucho que use la habilidad de cambio de forma de Jénova para manifestarse a traves de ella. Y no hay que obviar que Sefirot tiene células de Jénova desde que era un embrión, así que existe una indudable relación entre ambos.