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El sistema de juego es simple. Chocobos de diversos colores se encuentran repartidos por toda la pantalla. El jugador debe atrapar con los seis dedos disponibles aquellos que aparezcan indicados en la esquina superior izquierda. Cuando aparezca la frase "Let go" hay que liberar uno de los chocobos levantando el dedo correspondiente y posteriormente coger otro del color que se indique. En cierto modo se parece un poco al famoso "Twister", pero usando los dedos en lugar de las manos y los pies. Si el jugador se equivoca, contará como un error. También comentar que Chocobo Panic permite que participen dos jugadores, tanto en modo cooperativo como versus.
Tras la salida de este juego, Chocobo Panic se convierte en la 82º entrega en formar parte de La Capital Olvidada.
